La influencia de su educación francesa se advierte en la única obra por la que lo conocemos: las Fábulas en verso castellano para el uso del Real Seminario Bascongado (1781), 157 fábulas distribuidas en 9 libros. Samaniego ridiculiza los defectos humanos en sus fábulas, imitando a los grandes fabulistas Fedro, Esopo y La Fontaine. Aunque las fábulas de Samaniego están escritas en verso, su carácter es prosaico, dados los asuntos que trata y su finalidad es didáctica. Siguiendo el ejemplo de Fedro, Samaniego elimina de sus fábulas el tono ingenuo y entrañable de que dotara Esopo a las suyas y las llena de críticas veladas pero implacables contra personajes relevantes, hábitos sociales y actitudes políticas de dudosa integridad. Entre sus principales fábulas tenemos: La paloma, Congreso de ratones, La cigarra y la hormiga, El perro y el cocodrilo y La zorra y las uvas.